Setelah itu, ia bergabung dengan Timnas Vietnam bersama pelatih Park Hang-seo pada 2019-2021. Setelah Park meninggalkan Vietnam, Choi pun merapat ke Timnas Indonesia atas permintaan Shin Tae-yong.
Keberadaan Choi Ju-young di Timnas Indonesia memberikan dampak besar, terutama dalam menangani kebugaran dan pemulihan cedera pemain.
Kinerjanya di Piala Asia U-23 2024 lalu membuat PSSI dan Shin Tae-yong puas, sehingga tak heran jika PSSI ingin mempertahankannya meski STY dan staf kepelatihannya sudah tak lagi bekerja di Timnas Indonesia.
Dengan pengalaman dan keahliannya, Choi diharapkan dapat membantu Timnas U-17 mencapai performa terbaik dalam persiapan menuju kompetisi besar mendatang.